Eduardo creció en el barrio de Bangu de Río de Janeiro y su carrera futbolística comenzó con hechizos en CBF Nova Kennedy y Bangu Atlético Clube. A pesar de que ofrece poca frecuencia en la categoría juvenil, que fue descubierto por un cazatalentos brasileño que le ofreció la oportunidad de ir a Croacia en 1999. Eduardo disfrutó de un período de prueba exitosa con el Dinamo Zagreb y comenzó a jugar con regularidad para su equipo Sub-17, rompiendo en el primer equipo en el verano de 2001.

Después de un período de préstamo formación de ampollas en el Inter Zapresic (marcando 10 goles en 15 partidos), Eduardo rápidamente se estableció como uno de los jugadores más importantes Dinamos y por lo tanto ganó jugador del año en Croacia en 2004, 2006 y 2007. Después de ayudar a Dinamo de títulos de Liga consecutivos y una Copa de Croacia / Supercopa doble, Eduardo siguió a llamar la atención de la élite europea con goles en dos rondas de clasificación para la Liga de Campeones de la UEFA y la primera ronda de la Copa de la UEFA.

En Eduardos la temporada pasada para el Dinamo que anotó 18 goles en 18 partidos antes de su receso de invierno y se fue a terminar la temporada con cifras récord de última hora de 34 goles en 32 partidos (un récord que estaba desde hace 13 años). También se convirtió en el primer jugador en marcar un hat-trick 'en el derby entre el Dinamo y el Hadjuk Split.

El 3 de julio de 2007, el Arsenal confirmó la firma de Eduardo por una cantidad no revelada.

En su segundo partido para el club, Eduardo anotó su primer gol con la competencia en las eliminatorias de la UEFA Champions League ante el Sparta de Praga. Luchando para encontrar un puesto de titular en el equipo, continuó sus goleadores forma en la Copa de la Liga y ha conseguido atraer más la Premier League durante la ajetreada temporada navideña.

El 23 de febrero de 2008, Eduardo sufrió una fractura de peroné izquierdo y una luxación de su tobillo izquierdo en un partido contra el Birmingham City, que lo mantuvo al margen durante la mayor parte del año.

Realización de una recuperación completa, su regreso conmovedora a la acción fue contra el Cardiff City en la FA Cup, donde marcó dos goles. A pesar de sufrir una ligera torcedura de tendón en ese partido, regresó en la siguiente ronda de la copa de marcar un impresionante volea contra el Burnley. Estos objetivos demostrado que Eduardo es uno de los finalistas más clínicas en la Liga.

El 21 de julio 2010 fichó por Eduardo ucraniano Shakhtar Donetsk, campeones y llevar la camiseta número 11 para la temporada 2010/2011.